War and ČAO
České školství se v předválečné době snažilo rozvíjet v souladu s Masarykovými demokratickými ideály a vyznačovalo národnostní snášenlivostí. Naše tehdejší školství tedy víceméně umožňovalo stejnou příležitost ke vzdělávání všem dětem bez rozdílu stavovských, sociálních, náboženských a jiných. Duch svobody a volnosti byl také dědictvím vlasteneckých obchodníků a průmyslníků sdružených v obchodnickém spolku Merkur, kteří školu zakládali. ČAO vznikla českou svépomocí a pozitivní tvůrčí atmosféra byla vedle hospodářské stránky tím, co v tehdejší době odlišovalo tento ústav od veřejného státního školství, sevřeného v krunýř byrokratických vídeňských předpisů.
Edvard Beneš:
"Nejcennějším na Českoslovanské obchodní akademii po dobu mého šestiletého profesorského působení byl mi onen duch svobody a volnosti, s jakou se mohl profesor pohybovat ve středu profesorského sboru, mezi žactvem, zejména z hlediska politického, národního a náboženského. Přímo neocenitelné to bylo za války. Vzpomínám, jak se volně mluvilo a jednalo na Českoslovanské obchodní akademii po vypuknutí války."
Po vzniku Protektorátu pak došlo k zásadním změnám nejen v rámci vnitropolitického zřízení, ale i zejména v oblasti školství, což se projevilo i na Českoslovanské obchodní akademii. Němci se právem domnívali, že právě česká inteligence je velmi nebezpečným protiproudem fašismu.
Postup německých okupačních opatření vůči českým vzdělávacím institucím byl od začátku velmi tvrdý. Neustále byla vydávána nová nařízení, která měla za následek postupný rozvrat českého školství. Ve školních ročenkách se uvádí, že vedení ČAO neudělalo za Protektorátu ani o čárku více, než po něm striktně protektorátní úřady vyžadovaly. Pamětníci popisují, že duch ve škole byl jednotně protiněmecký a po celou dobu války se nenašel jediný profesor, který by ze strachu či kvůli kariéře kolaboroval s nacisty. Stejně tak mezi žáky není jediný případ udavače, který by denuncoval učitele vykládajícího otevřeně své názory o okupantech a pochybnosti o německém vítězství.
V září 1944 byla ČAO vyhoštěna z vlastní budovy a do ní byl nastěhován německý lazaret. Žáci byli nasazeni do manuálních zaměstnání, mnoho z nich do Říše. Profesoři, pokud neunikli při lékařských prohlídkách, byli nasazeni do Todtovy organizace. 14. února 1945 byla budova ČAO při náletu na Prahu velmi poškozena, stejně tak prozatímní úřadovna - ředitelna v Jiráskově domě v Resslově ulici. Po celou dobu nucených prázdnin se ale profesoři denně scházeli a debatovali. Po květnovém povstání se profesorský sbor sešel 12. května 1945 a byl zvolen nový ředitel školy. Ještě v květnu je organizováno prozatímní vyučování v pronajatých prostorách v Železné ulici a následující letní prázdniny jsou věnovány obnově původní budovy, aby se nový školní rok zahájil včas. První dvě poválečná léta jsou ve znamení snahy dostat výuku do starých kolejí. Svou roli sehrává dle záznamu v ročenkách hlavně uvolnění pracovní a studijní kázně u žactva během nuceného volna za Protektorátu.